Se il file è incluso all'interno di un JAR non puoi usare quella sintassi perchè il PDF in questione non è propriamente un file, quanto piuttosto una "risorsa" fornita dal JAR (una entry del JAR). Il fatto che prima funzionasse è dovuto solo al fatto che Eclipse referenziava il file "sorgente" (che non era incluso nel JAR).

Devi prima estrarre il PDF dal JAR e salvarlo da qualche parte (una directory temporanea), quindi usare la classe Desktop per aprirlo.

Per poter estrarre il PDF dal Jar hai tutta la libreria java.util.zip e java.util.jar per la manipolazione dei file ZIP/JAR.

Risulta molto utile il tutorial della Sun sulla Compressione e decompressione dei file ZIP/JAR.