La soluzione era abbastanza banale:

probabilmente creando il DSN ne ho erroneamente generato uno per root in /root/.odbc.ini e in seguito un DSN di sistema in /etc/odbc.ini. Quello di root era tuttavia sbagliato ma, ovviamente, lo user continuava a utilizzare il proprio sorgente dati.

Eliminato il DSN utente per root, la situazione si è normalizzata. In effetti non c'erano molti motivi per cui non dovesse funzionare