che versione asp.net utilizzi, e che versione di VisualStudio?

dalla versione 2 di asp.net sono contemplate le masterpage ad albero, e dalla versione 2008 di VisualStudio, si possono usare anche in progettazione.

Per spiegare ipotizzo un sito che ha una parte comune, e due sezioni particolari che vogliono avere un'impaginazione diversa.

MioSitoWeb
--- pagina 1
--- pagina 2
--- /Sezione1
--- / --- pagina s1_3
--- / --- pagina s1_4
--- / Sezione2
--- / --- pagina s2_5
--- / --- pagina s2_6

tu puoi fare una masterpage_generale per l'intero sito.
Le pagine 1 e 2 ereditano da questa.

puoi "modificare" l'impaginazione per la sezione1 e la sezione2, facendo per ognuna una masterpageS1 e masterpageS2, che a loro volta ereditano da masterpage_generale.
le pagine 3 e 4 ereditano da masterpageS1, le pagine 5 e 6 ereditano da masterpageS2

Esempio:
masterpage_generale - Menù in alto, barra laterale sx, spazio centrale vuoto

masterpageS1 - nel content centrale metti due placeholder che dividono lo spazio in due contenitori orizzontali

masterpageS2 - nel content centrale metti due placeholder che dividono lo spazio in due contenitori verticali.

le pagine 1 e 2 avranno menù in alto, barra leterale sx, spazio centrale custom
le pagine 3 e 4 avranno menù in alto, barra laterale sx, due spazi orizzontali custom
le pagine 5 e 6 avranno menù in alto, barra laterale sx, due colonne centrali custom

Questo dovrebbe risolvere la tua esigenza.

ciao