se si apre il file come "r+" però si può fare credo.
con seek() si arriva alla riga che si vuole cancellare e poi si scrive da li una stringa formata solo da spazi fino a fine riga, dovrebbe sovrascriverla.
codice:
/*presupponendo che sei già arrivato ad inizio riga*/
while (getc(tuofile)!="\n") {putc(' ',tuofile)}
ma aspetto conferma da qualcuno, anch'io sono alle prime armi