un consiglio:

punta i domini virtuali alle home degli utenti (/home/utente) invece che in /var/www/, cosi' non devi piu' impostare piu' nulla ogni qual volta crei un nuovo dominio virtuale, i permessi sono gia' a posto.
Inoltre, cosi' facendo risolvi anche l'accesso FTP per gli utenti, che di default si connettono in FTP alla loro home.