Ciao. Puoi utilizzare entrambi i metodi insieme per andare sul sicuro.

1 - Dichiari una costante nella pagina contenitore, poi in quelle da includere includi a loro volta una pagina (che chiami ad esempio incCtrl.inc.php) e dentro quest'ultima controlli che la costante sia definita altrimenti si blocca l'esecuzione e compare un messaggio di errore.

Pagina contenitore:
Codice PHP:
define('IN_SITE'true); 
Pagine incluse:
Codice PHP:
require('incCtrl.inc.php'); 
Pagina incCtrl.inc.php:
Codice PHP:
if (!defined('IN_SITE'))
    die(
'Errore!'); 
2 - Se vuoi proteggere maggiormente i file inclusi li inserisci in una cartella a parte rispetto a quella in cui si trova la pagina contenitore. Poi crei un file .htaccess con questo codice:
codice:
<Files *>
	Order Allow,Deny
	Deny from All
</Files>