senza complicarti la vita:

1. crea un jar con quanto ti interessa. Nel manifest indica solo le dipendenze (oltre alle info standard). Non includere le lib esterne nel jar
2. crea script o .bat che esegue

java -cp tuoClasspath pathcompletomainclass opzioni

3. lancia il tutto

e vedi che funziona

passi dal non sapere niente al perderti in info che non ti interessano.