Premesso che non proprio chiarissimo cosa vuoi fare, se è proteggere una directory (cartella) sul server al volo hai due possibilità:
- Blocchi la cartella tramite password dal panello di controllo admin del sito (per dettagli vedi hosting)
- Usare .htaccess per impostare password "dinamiche" in determinate directory (per dettagli vedi form php)
Se non è questo quello che cerchi provaci ancora "sam", anche se ho forti dubbi che il forum corretto si javascript