Tutto dipende dalla scalabilità richiesta dal tuo cliente.
Con scalabilità intendo:

Il termine scalabilità si riferisce, in termini generali, alla capacità di un sistema di "crescere" o "decrescere" (aumentare o diminuire di scala) in funzione delle necessità e delle disponibilità.
Sicuramente se il livello di utenza é alto, senza ombra di dubbio SQL server sarà la scelta forzata visto che MySQL non é per architetture enterprise. Tutto dipende anche dal tuo budget, se hai un trattore che fa girare sia IIS che SQL, beh non aspettarti performances mozzafiato con SQL server.