quanto ne sai di java? quanto sai di "analisi e progettazione del software"?
ti ripeto, a priori non possiamo dirti quale soluzione è migliore.
Ad esempio dovessi gestire UN solo magazzino (una sola sede) potrebbe andare bene un'applicazione standalone che si collega al database e faccia i suoi mestieri.
Dovessi gestire diverse sedi da diversi dispositivi, l'interazione con una pagina web mi sembra un buon punto di partenza (anziché usare un applicativo java), soprattutto perché non sei costretto a portarti dietro tanta roba...come dire a priori non c'è la soluzione migliore, fai un'analisi del problema (in dettaglio) e poi ne riparliamo.
Ti hanno chiesto di fare l'app e poi non hai chiesto niente altro è un grave errore, perché io ti ho fatto (senza saper né leggere né scrivere)2 domande a cui dovresti aver già dato risposta