Originariamente inviato da davide.pampo
La query viene eseguita ma il valore della quantità viene inserito uguale in tutte le righe della tabella, in pratica è come se la prima select non fosse salvata.
Codice PHP:
...
$record mysql_fetch_array($risultato);
$id $record['id'];
$query "UPDATE magazzino LEFT JOIN prodotti ON magazzino.id_prodotto = '$id' SET magazzino.quantità = '$quantita ' ";
... 
Ovviamente perima andrebbe effettuato un controllo sulla congruenza del campo $id inoltre se l'id e la quantità sono numerici nella seconda query non ci vogliono gli apici singoli.

P.S.
Inoltre hai lasciato uno spazio dopo la quantità