Al di là del fatto che io non vedo alcun watermark sui video di YouTube, se si vuole aggiungere un watermark direttamente nel file video con ogni probabilità si lavora in C, dato che bisogna decomprimere il video al volo, processare ogni singolo frame aggiungendo il watermark e ricomprimere (lavoro piuttosto oneroso dal punto di vista computazionale). L'alternativa è aggiungere il logo semplicemente in fase di riproduzione nel player della pagina, ma a quel punto non serve a niente (se uno scarica il file originale il watermark non c'è).

Ciò detto, la domanda è piuttosto OT rispetto a questa sezione: era una semplice curiosità (sposto in OT), stai cercando di fare qualcosa con un linguaggio/software che ancora non sai (sposto in Kickstarter) o ancora, stai lavorando ad un sito/... scritto in un qualche linguaggio e devi aggiungere questa feature (sposto nel forum relativo al linguaggio in questione)?