Non riesco a capire la domanda, per cui immagino tu non sappia cosa fa il clear.

Il clear "chiude" l'effetto del float.
Un clear:left chiude il float:left e viceversa; il clear:both chiude ambedue i float.

Quindi il clear dovrai metterlo alla fine delle due colonne, se sotto ad esse ci devi inserire altro materiale (ad esempio il footer); altrimenti se le due colonne sono gli ultimi oggetti inseriti nell'HTML, il clear non serve.