N.b. Java e Javascript non hanno nessuna correlazione, anzi sono completamente diversi!

Comunque, precisando che non è il mio campo (ma che amo tenermi informato un po' su tutto... per me è un hobby essendo ancora un liceale ^^ )

Lato server puoi scegliere quello che vuoi o, al più, quello con più supporto.
PHP è quello più utilizzato e supportato, tuttavia ha una sintassi orribile.
Ruby+RoR sta acquistando sempre più supporto ed ha una sintassi più gradevole.
ASP.NET è la scelta "obbligata" per server windows.
Java non ne so molto, ma gode di buon supporto.
Gli altri hanno tutti delle loro peculiarità, ma, certamente, godono di un supporto minore.
Erlang gode di poco supporto ma ha delle caratteristiche uniche.
Salltalk+Seaside non è molto diffuso, ma è un buona soluzione, inoltre il linguaggio è semplice (forse più semplice di ruby) e produttivo, ma come già detto non gode di molto supporto!
Si può dire che ruby e python siano i più facili da apprendere.
Insomma, per concludere, datti un'occhiata attorno, visita un po' di siti che presentano le diverse tecnologie, fatti una tua idea e scegli in base ai tuoi gusti e alle tue esigenze.

P.s. nel mercato il più richiesto è tuttora PHP, hanno mercato anche Java, Ruby e Python.