non so se ho capito bene ma...

puoi provare ad eseguire il processo
ogni tot secondi, minuti, ore, giorni...
inserendo un controllo timer
ed i file che processi:

1)o li sposi in un'altra directory
2)o registri in ub file .LOG il nome dei file processati
così eviti di riprocessarli una seconda volta
3)oppure li elimini

Questo dipende dal tipo di applicazione che stai sviluppando