Ciao, personalmente per motivi azinedali uso WP ma potrebbe essere che joomla crea una sitemap di suo o con plugin registrando ogni url presente nel db come fa wp con la tabella apposita. Le url che tu visualizzi ma custom forse non sono presenti nella sitemap anche se esistenti. Potresti provare a creare una sitemap.xml apposta per queste e inviarla a google(per test da wematertools o specificando nel robots.txt )