da qualche parte, sicuramente tra quello che viene caricato dalla direttiva "Include conf/inc_virtual_hosts.conf" (posta il file "inc_virtual_hosts.conf" ) dovresti avere la configurazione del virtualhost di default o per localhost. Nella configurazione ci saranno le specifiche per la cartella D:/siti-test/front-controller, qualcosa tipo:
codice:
<Directory "D:/siti-test/front-controller">
....
</Directory>
è qui che devi settare l'allowoverride su all ( o scrivere direttamente le regole di rewrite...)
modifica e fai restart di apache2