Come ti ha già detto giustamente andbin, non lo puoi fare con la classe File di java.io ed i suoi metodi perchè le entry di un ZIP / JAR non sono File, ma sono "risorse" (ovvero dati) di un file. Puoi enumerare le Entry, usando le classi di java.util.zip o java.util.jar, rispettivamente usando ZipFile/JarFile per aprire il file zip/jar e scorrerlo.

Da dentro all'IDE funziona perchè l'IDE non usa il JAR quando manda in esecuzione il programma, ma usa i file .class sciolti che risiedono nella directory "build" (o altro simile per Eclipse), ovvero utilizza i file sciolti derivanti dalla compilazione, che sono veri file del filesystem.

Un esempio di programma che estrae le entry di un file JAR (quindi, che le scorre), lo trovi qui:
http://stackoverflow.com/questions/1...-its-data-in-s

alla risposta di JuanZe

Quel frammento di codice fa di più: le scorre e ne crea i relativi file sul filesystem, ma a te interessa solo la lettura e lo scorrimento delle entry.


Ciao.