Gli apici si risolvono sempre con 2 metodi:
- applichi il carattere di escape (per php e javascript è \)
- spezzi le stringhe negli script e le riattacchi.

nel tuo caso non mi sembra ci siano conflitti di apici poichè il codice php viene processato lato server e quindi gli apici dell'istruzione echo non vengono visti dal browser. Però se mi sfugge qualcosa prova comunque a mettere \" oppure \' a seconda dell'apice che vuoi escapare.

Un metodo migliore sarebbe quello di non mettere del javascript complesso nell'onClick, ma crea una funzione con le stesse istruzioni e richiama solo questa in onClick.