Studiando il linguaggio meglio ho capito che l'errore stava nella linea include nel modo con il quale l'ho inclusa, ho risolto,se a qualcuno interessasse, mettendo il comando include nello switch eliminando così la variabile $contenuto.
Ora non ho più errori, mi carica la home correttamente e i link vengono caricati come volevo io senza caricare la pagina intera ma solo il contenuto e quindi header e footer restano costanti.
Grazie a chi mi ha risposto per i suggerimenti