Guarda ... la Microsoft risponde

The list of unchecked entries in MSConfig is located at

[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Shared Tools\MSConfig\startupreg]

Delete the keys listed under startupreg to remove the unchecked items from the MSConfig window.

e io, con Win7, riscontro esattamente questo meccanismo. Non so con quale sistema operativo stai lavorando ma dovrebbe essere uguale.