Se lo "sfizio" è solo questo .... no, allora secondo me sarebbero molto meglio i due <Database> e <Filesystem>. Non solo perché così il unmarshal diventa banale e immediato (se le due classi che modellano i due XML sono entrambe nel JAXBContext, JAXB è in grado di riconoscere il tag radice e creare l'oggetto "giusto") ma oltretutto il documento risulta anche più "parlante" ed esplicativo.
Se vuoi avere lo stesso nome del tag radice e due classi che modellano due contenuti differenti, per quanto ne so su JAXB il modo (forse l'unico?) è differenziare con un namespace. Di più non so dirti, nel senso che dovrei documentarmi pure io!


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