Ma i microsecondi sono gestiti da mysql? O sono solo per compatibilita' SQL?

Le query vengono serializzate e quindi inserite una dopo l'altra. Il tuoi problema credo derivi dal fatto che usi bigint che e' un valore assurdo per un id e mal gestito da mysql nel senso che dipende anche dal PC e OS e in effetti potrebbe non essere completamente affidabile per un autoincrement.

Prova a rifare le prove usando INT unsigned al posto di bigint. Son sempre gestiti oltre 4 miliardi di record che e' piu' che sufficente nella maggior parte dei casi.