Per usare uno specifico file di policy devi indicarlo all'avvio della JVM.

Ad esempio, se tu lanci il tuo programma con

java com.pippo.ClasseConMain

dovrai fare
java -Djava.security.policy=/custom/path/to/file/myfile.policy com.pippo.ClasseConMain

Per l'altro problema, posta il tuo file di policy che vediamo cosa c'è ^^