Ok, a parte l'enorme pericolosità della cosa.. in modo automatico non lo puoi fare.
Si può fare qualcosa tramite javascipt, ma credo che sia comunque limitato.
Ma ti immagini, tu apri una pagina e quella inizia a rastrellare file dal tuo pc ? Non sarebbe bello..
Poi dovresti identificare la lettera dell'unità abbinata alla chiavetta usb.. non è sempre la stessa. E se si connette da un pc con linux ? Che si fà ?
Sarebbe un scenario disastroso.

Puoi inserire sul tuo sito online un form dove viene richiesto l'upload di questo "file di autenticazione".. una volta fatto l'upload php più leggerlo.