non so cosa faccia xampp o altri simili. Ho sempre installato ognuno per conto suo apache-php-mysql.

per quanto riguarda le caratteristiche aggiuntive di phpmyadmin si tratta di un database con una serie di tabelle che servono per i vari servizi offerti da phpmyadmin. Si trova nella cartella \examples file create_tables.sql

Poi in config.inc.php si deve abilitare (e creare in mysql) uno user/password abilitato per questo lavoro, decommentare tutte le istruzioni relative alle caratteristiche aggiuntive.

Se non ti servono puoi tranqullamente ignorare l'avviso.

Le tabelle se son InnoDB non si copiano ma si esegue un backup dall'origine e poi un restore sulla destinazione. Si portano dietro anche tutti i comandi della loro storia e configurazione. Nei file IBxxx ci sono TUTTE le tabelle InnoDB e se ne devi spostare solo qualcuna DEVI per forza eseguire il backup in modo da estrarre solo le informazioni relative alle tabelle interessate.

Le tabelle MyIsam sono invece in triplice formato .MYD .frm .MYI rispettivamente contengono dati, formato e indici. Queste le puoi copiare e trasferire perche' contengono tutte le informazioni.