Il prb non è il conflitto dei 2 hdd perchè uno dei 2 sarà quello master, se hai hdd vecchi ci sono dei jumper da settare oppure dal bios, cioè quello dal quale parte il so e, verosimilmente, dove è allocato il boot sector. Il prb è che durante l'installazione il SO rileva l'hardware perciò quando lo sposti su altra macchina, se non è identica o molto simile, ci sarebbero dei prb. E' molto probabile che win neanche parta in modalità normale. E' sempre meglio installare il SO live sulla macchina che lo dovrà ospitare.
Prenditi del tempo e fai l'installazione pulita con i drivers appropriati, poi le applicazioni, poi i tuoi dati.
Il vecchio hhd lo metti dopo, sposti il contenuto su chiavetta (o sull'hhd nuovo), formatti e ci rimetti ciò che c'era.
Questo il sistema che garantisce la migliore installazione/pulizia.