Allora, visto che la prima riga del file contiene il numero di quote che andrai a leggere successivamente, tramite quello puoi andare a crearti un array:
codice:
int[] arrayQuote = new int[prima_riga];
Ora il ciclo while va benissimo, ma "male" si sposa con l'array delle quote. Niente di grave: inizializzi un contatore al di fuori del while
codice:
int rigaQuota = 0;
while (...
e quando calcoli la nuova quota andrai ad inserirla nel tuo arrayQuote e ad aumentare il contatore
codice:
arrayQuote[rigaQuota] = ...;
rigaQuota++;
PS: ad occhio hai un readline di troppo nel while (basta quello del ciclo while stesso)