Partendo dal tuo codice potresti notare qualche piccolissimo cambiamento d'impostazione per il tuo esercizio...

PS Per l'acquisizione di stringhe ti consiglio fgets(), cercala in internet è molto intuitiva, inoltre in questo algoritmo eviti qualche controllo inutile una volta che la stringa è terminata.

codice:
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>


int main(int argc, char *argv[])
{
    //Dichiarazioni variabili
    char stringa [100];
    int i;
    int conta=0;


    //Input stringa
    printf("Inserisci una stringa!\n");
    fgets(stringa, 100, stdin);


    //Lunghezza di stringa
    int lenght = strlen(stringa);


    for(i=0;i<=lenght;i++)
    {
        if(stringa[i]==' ')
            conta = conta+1;
    }


    //Output spazi nulli
    printf("Caratteri nulli nella stringa=%d\n", conta);




    system("PAUSE");
    return 0;
}