I file utente stanno nella home, gli altri percorsi di default non sono accessibili in scrittura agli utenti "normali" (fatti salvi i dispositivi esterni & co., che vengono montati sotto /media).

Quanto al lanciare i programmi, sei sicuro di compilarli correttamente? Oppure, non è che quando li esegui dal terminale scrivi
codice:
nomeprogramma
e non
codice:
./nomeprogramma
?