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è garantito un passaggio di tale file come argomento?
Se su Windows usi "%1" come nell'esempio fornito nella discussione linkata, sì. Ti è chiaro, da quelle immagini, cosa succede per i file pdf a cui è associato di default Adobe Reader?

C'è una associazione:
.pdf --> AcroExch.Document

(AcroExch.Document è solo un nome "logico") e poi:
AcroExch.Document --> Open Command: "C:\...blabla...\AcroRd32.exe" "%1"

Quindi quando si apre un file .pdf (es. doppio click o "Apri" da explorer), viene eseguito AcroRd32.exe e al posto di %1 il sistema sostituisce il nome del file che hai scelto, che diventa semplicemente il primo argomento passato alla applicazione.
Se da Java gestisci gli argomenti allo stesso modo, ovviamente è fattibile.