La associazione di estensioni di file con applicazioni è una cosa che è estremamente system-dependent e varia anche radicalmente da un S.O. all'altro. Java e il framework standard non hanno nulla per gestire le associazioni delle estensioni (né tools, né API apposite, perlomeno che io sappia).
In Windows le associazioni sono memorizzate nel Registry, sotto HKEY_CLASSES_ROOT.
No, non è strettamente necessario. Nel senso che quello che si può avviare è comunque il launcher della JVM (java.exe o equivalente per altro S.O., o javaw.exe su Windows)
No, a parte ovviamente ricevere l'argomento, cioè il file su cui lavorare, tramite il solito String[] args del main.


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