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Per quanto riguarda i metodi set e get intendi ad esempio per settare (tramite il metodo set) il valore di una determinata variabile e per restituirlo (tramite il metodo get)?
Sì, tipo:

codice:
private String cognome;

public String getCognome() {
    return cognome;
}

public void setCognome(String cognome) {
    this.cognome = cognome;
}

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Io però continuo a non capire che senso ha utilizzare i reference. Per evitare di utilizzare nuovamente l'operatore dot se voglio che il mio oggetto punti ad un altro già creato e che quindi abbia lo stesso valore?
In Java un reference è un valore. Solo che invece di essere un valore numerico che puoi manipolare, stampare ecc..., per il programmatore Java un reference è un qualcosa di molto "opaco". Non sai che valore ha, non sai nemmeno quanto un reference occupa in bit (dipende dalla piattaforma e dalla implementazione della JVM). Sai solo che o fa riferimento ad un oggetto, oppure è null ovvero non fa riferimento ad un oggetto.
Più variabili di tipo reference possono avere lo stesso valore, appunto lo stesso reference, quindi faranno riferimento allo stesso oggetto. Tutto qui.

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Solo una domanda. Se all'interno di un metodo vado a dichiarare una variabile locale questa sarà presa in considerazione all'interno della javadoc?
No, javadoc non documenta il "comportamento" dei metodi, quindi non mostra nulla relativo al corpo del metodo.

Per variabili di classe e di istanza sì, la documentazione javadoc è possibile.

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ma quando mi dice "... che restituisca una stringa" si riferisce SOLO alla return? Io l'ho inteso come una stampa, oltre alla return, ma credo sia sbagliato a questo punto.
Sì, o solo componi e restituisci una stringa, oppure fai un metodo con return void che stampa solo la stringa.