Prima di entrare nel while, fai tre letture a vuoto:

codice:
ln.readLine();   // Leggo (e butto via) la prima riga
ln.readLine();   // Leggo (e butto via) la seconda riga
ln.readLine();   // Leggo (e butto via) la terza riga

// Ho letto (e buttato via) le prime tre righe... procedo col resto
while(ln.readLine() != null) cnt++;
...

Ciao.