Oddio giusto, scusami ma, come avrai già capito, non ho ancora radici ben piantate nel territorio dei thread. Spero di aver capito bene la domanda, ma in ogni caso ti do due risposte:

1. System.setIn(buttonContinua.getIn()); viene fatto nel costruttore della Finestra(che estende JFrame).

2. Il metodo pressEnter(), al cui interno viene chiamato il nextLine(), viene chiamato decisamente nel main thread, poichè fa parte del codice relativo al programma senza grafica.

Spero di aver risposto alla tua domanda.
Grazie per la pazienza