Che vuol dire "che strumenti usare"? Indipendentemente dal DBMS utilizzato (che sia MySQL, SQL Server, DB2, quel che ti pare) gli strumenti sono sempre gli stessi:

Un driver JDBC per connetterti (Lo scarichi gratuitamente dal sito Microsoft)
La API JDBC standard (Statement / PreparedStatement / ResultSet)
Eventuali framework di persistenza (Hibernate / EclipseLink / iBasis)


Ciao.