Se intendi dire, data la chiave "ZNJ" (solo 3 caratteri) come applicarla ad una qualunque stringa in input es. "PINCOPALLA", dovresti averlo già fatto, perché questo è indifferente dall'algoritmo di transcodifica (il tuo modo o i due scenari che ho detto io).
In "PINCOPALLA" gli indici vanno da 0 a 9, mentre nella chiave questi stessi indici saranno "modulo" 3 (lunghezza della chiave), quindi 0 1 2 0 1 2 .....
E questo, ripeto, non c'entra con la tecnica utilizzata per la transcodifica.
E allora applicalo, bastano (a livello basilare) charAt (per prendere i caratteri nella chiave e nell'input) e indexOf (per cercare l'indice dei caratteri) di String.