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come faccio, dopo che mi è stata data la chiave e la parola da codificare a dire che alla L corrisponde la Z. Come legare il primo carattere della parola da codificare al primo carattere della parola chiave.
Se intendi dire, data la chiave "ZNJ" (solo 3 caratteri) come applicarla ad una qualunque stringa in input es. "PINCOPALLA", dovresti averlo già fatto, perché questo è indifferente dall'algoritmo di transcodifica (il tuo modo o i due scenari che ho detto io).

In "PINCOPALLA" gli indici vanno da 0 a 9, mentre nella chiave questi stessi indici saranno "modulo" 3 (lunghezza della chiave), quindi 0 1 2 0 1 2 .....

E questo, ripeto, non c'entra con la tecnica utilizzata per la transcodifica.

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Il meccanismo matematico l'ho capito.
E allora applicalo, bastano (a livello basilare) charAt (per prendere i caratteri nella chiave e nell'input) e indexOf (per cercare l'indice dei caratteri) di String.