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Java effettua della chiamate ajax? non è possibile...
parli forse di applet java che girano sul client? Se il problema è java perchè hai scritto nella sezione javascript? Non è che stai confondendo java con javascript? sono due linguaggi completamente diversi che hanno in comune solo parte del nome. Se è cosi chiedi al moderatore di spostare la discussione nella sezione adatta, altrimenti spiega meglio, chrome non bloccherà mai javascript altrimenti il 90% dei siti non funzionerà più.
Ciao,
temo di non aver espresso bene il tutto.

la pagina php, una volta ricaricata, lancia un applet java a cui vengono passati dei valori.
l'applet a questo punto crea il file di testo che viene passato al programma(il quale converte il file TXT e stampa)
una funzione javascript, richiama ogni tot secondi una funzione interna(pubblica) dell'applet che permette di leggere il file TXT di ritorno e restituirne il contenuto al client.
a quel punto, con jquery(.post), viene caricato il dato risultante (OK / KO) sul DB.

Il motivo per cui ho scritto qui è perchè chrome rimuoverà a breve (1 mese) e definitivamente il supporto NPAPI.
Quindi il plugin JAVA(e anche silverlight, fascebook video) non sarà più utilizzabile ed ho necessità di una soluzione alternativa.
Ho ritenuto opportuno spiegare la situazione attuale per cercare la soluzione alternativa adatta.