prima di questa istruzione
Set MyFile = ScriptObject.CreateTextFile(Server.mappath(folder) &"\"&filename)
devi cercare il file Server.mappath(folder)&"\"&filename sempre con FSO, e se esiste già cambiare il valore della variabile filename. attenzione a fare questo in un loop, perché anche il file rinominato potrebbe esistere...

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ti posto il link alle risorse 