Guarda se il tuo problema è questo, puoi benissimo scaricare una live linux qualsiasi e riazzerare il disco con gparted.
Oppure se proprio vuoi, azzeri tutti i byte del disco con il comando "dd" e dopo lo reinizializzi con gparted.

Altrimenti ci sono dei cd di boot con HDD Low Level format Tool che fa la stessa cosa di "dd".
Almeno stai tranquillo e ricominci dall'inizio, senza doverti preoccupare troppo.

E dopo reinstalli nuovamente Vista.

Se hai qualche difficoltà ci sono dei tutorial per gparted in rete.
Per il comando "dd" è lo stesso, comunque la sintassi è questa :

sudo dd if=/dev/zero of=/dev/sdX

X è la lettera dell HD, in genere a, quindi probabilmente

sudo dd if=/dev/zero of=/dev/sda

se vuoi sapere quale lettera è, puoi aprire gparted, c'e scritto nell'intestazione del nottolino a destra.
altrimenti

sudo fdisk -l

te lo dice.