tendenzialmente:
-java per andrdoid
-objective-c / swift per ios
-c# per windows phone

con xamarin è possibile usare c# come ha detto djciko.

inoltre è possibile usare anche framework per creare app usando html e javascript:
-apache cordova
-ionic framework
-titanium
-nativescript
-ecc...

il php non può essere usato dentro una app.
può usato per far dialogare la app con un server remoto.
ma puoi anche usare python, ruby, ecc....
le cose sono disaccoppiate.