Ok il mio era un consiglio generale, sicuramente in seguito inizierai ad usare i metodi.
In questo caso la questione è solo di eleganza e pulizia del codice, visto che il metodo viene richiamato solo una volta all'interno del ciclo, se dovessi usarlo più volte ovviamente sarebbe da pazzi riscrivere tutto .

Non ho capito però se hai delle limitazioni anche su come effettuare il controllo: io consigliavo di usare il confronto carattere per carattere considerando la stringa letta e non il numero per vedere l'uguaglianza dei due numeri.

Se non puoi fare nemmeno questo e devi fare il confronto solo con gli operatori allora devi fare un ciclo interno in cui confronti cifra per cifra, visto che per ora se la cifra delle unità è diversa chiedi subito un altro numero.
Inoltre se differenza è uguale a 0 non ha senso fare

somma = somma + differenza;

devi aggiungere modBase altrimenti somma rimane sempre uguale.Inoltre sempre dentro quell' if devi anche incrementare il contatore delle cifre uguali.
Prova a sistemare un po' il tutto, poi chiedi pure se ci sono altri dubbi