Ciò che secondo me l'articolo non chiarisce a sufficienza è che si sta parlando di pagine con contenuto uguale ma URL differenti. Il canonical URL serve quindi per indicare qual è l'URL di riferimento per ognuna delle altre, senza il quale sarebbero di fatto pagine con contenuto duplicato.

La prima cosa da fare nel tuo caso è verificare se il canonical URL è effettivamente usato nel tuo sito e, nel caso che lo sia a tua insaputa, capire se è stato usato correttamente o meno.

Se si tratta del blog che hai linkato, vedo che effettivamente il tag esiste e punta sempre alla home: questo in effetti è il problema (grave peraltro) che Bing ti sta segnalando.