Il metodo migliore è sicuramente quello di NON utilizzare una stringa composta con gli ID
Immagina di dover cercare (ad esempio) gli utenti a cui è stato mandato sia il messaggio 1 che il 2 (nel tuo esempio sarebbero l'utente 6 ed il 30)....diventa un lavoro ingestibile (pensa se i destinatari o i messaggi sono centinaia e non solo 2...)

Va bene utilizzare una tabella con gli ID dei messaggi e gli ID degli utenti (come suggerisce anche nman) ma ogni record avrà solo una informazione. Riprendendo il tuo esempio avrai.. (potrai aggiungere se vuoi una ulteriore colonna ID autoincrementante da usare come chiave primaria)

ID_Messaggio | ID_Utente
1 | 4
1 | 6
1 | 20
1 | 30
2 | 2
2 | 7
...