Dipende da 'cosa' realmente devi gestire.

Si può usare un file di testo, un file XML, un file crittografato, oppure un database.
Se propendi per un database, SQLite è una buona scelta solo se l'ambiente su cui lavori non è multi-utente (in tal caso è sconsigliato da loro stessi) e comunque richiede la distribuzione della DLL di accesso ai dati (quindi con conseguenti problemi di deploy, versioning, ecc.).

Se la piattaforma a cui punti non va oltre il mondo Microsoft allora dal punto di vista del deploy un database Access è ancora meglio perché non richiede alcuna installazione, dato che il provider JET è già installato in ogni versione di Windows, dalla 2000 alla 10.

Ciò significa che non devi preoccuparti né di installare, né di rimuovere nulla. Il che non è poca cosa, soprattutto se non si ha dimesticazza con queste cose.