Certamente...
con PHP più o meno me la cavo ma il problema credo risieda ancora qui.

Ho aggiunto un passaggio intermedio, in pratica invece di salvare subito su mySQL, salvo prima in locale su SQLite, poi con un'altra funzione lo "estrapolo" e lo carico su mySQL tramite PHP.

All'interno del ciclo ho inserito questa funzione:

codice:
db.transaction(function(tx) {    tx.executeSql("INSERT INTO tabella (campoA, campoB, campoC, campoD) VALUES (?,?,?,?)", [valA, valB, valC, valD], function(tx,res){
       alert("database aggiornato");
});
}, function(err){
    alert("errore");
});
Per funzionare funziona... il problema e' che il codice sopra postato lo eseguo 100 volte. Se ci fosse un modo per eseguirlo in una volta sola sarebbe il massimo.
Magari in questo caso non succede niente (essendo in locale) ma se genero 100 richieste http in pochi secondi non è il massimo.

Spero di aver chiarito meglio il problema.

Grazie