Ciao, forse non è molto chiaro come dovrebbe funzionare il tutto. Probabilemente se il $ (che sarebbe poi jQuery da quanto descritto) non viene riconosciuto potrebbe banalmente esserci un errore d'inclusione e/o errore di sequenza d'inclusione.
Qualsiasi cosa vuoi fare con jQuey o libreria che sia, per forza di cose prima dovrà caricare questa del tuo custom script.
Per avere il file su singola riga (come di sull dire minifizzato), o includi le librerie minifizzate oppure ti servirà avere un tool (solitamente lato server) che si occuperà di raggruppare e minifizzare eventuali risorse volute da te.
Non c'è una funzione che ti permette di minifizzare in automatico il file stesso. Un'altra soluzione potrebbe essere quella di usare manualmente un tool di compressione e metttere online i file in versione minifizzata. Ad esempio questo