Il fatto è che di solito voler definire delle coordinate a proprio piacimento, ad esempio settando il layout a null e utilizzando i metodi setBounds() etc., è un metodo che alla lunga non paga, ci sono layout molto semplici da utilizzare, e usando in modo appropriato le distanze tra i componenti dei layout e i bordi puoi ottenere in modo semplice un'infinità di situazioni diverse.
Per quanto riguarda il secondo metodo, se registri un listener sul pannello ottieni le coordinate relative al pannello.
Il punto cliccato lo trovi con il metodo getPoint() applicato al MouseEvent del mousePressed (MouseEvent e).
Il punto di partenza dell'immagine lo conosci già, perché la fai partire da quelli che hai chiamato xs e ys. A quel punto basta controllare che la x e la y del punto siano maggiori di xs e ys e minori di xs+miaImmagine.getWidth() e ys+miaImmagine.getHeight().
Ovviamente senza vedere più codice non ci si può rendere conto della situazione, se hai modo/voglia posta più codice e provo a dirti come risolverei io la cosa.


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