Quando esegui un link (click) fai una richiesta al server e la pagina visualizzata viene "congelata" dal browser che attende la nuova pagina. Sè questa operazione richiesta al server ci mette qualche secondo verificherei che lato server sia tutto a posto tipo query performanti configurazioni ottimali che l'hosting sia valido, per capirci di norma queste "anomalie" sono spesso legate a configurazioni server lente o sbagliate. Se dovesse essere tutto a posto dovrai passare ad una navigazione Ajax abbastanza complessa se non hai buona conoscenza di js/jquery