Potresti provare con quest'altra soluzione. Partendo dal sito iniziale e quindi senza i dati a db del secondo, incrementare tutti gli ID del db da importare, aggiungendo o moltiplicando allo stesso modo ogni ID in modo che qualsiasi ID sia più alto dell'ID più alto nel primo.
In questo modo non puoi sovrascrivere ma solo aggiungere. Dopo l'importazione i nuovi id avranno i nuovi id incrementali.
Avevo fatto un lavoro del genere per alcuni blog dovendoli importare tutti in un unico multi-site.